Han pasado cuatro años desde la presentación de un impuesto y la pregunta parece sencilla: ¿podemos eliminar ya las facturas y el resto de la documentación? No siempre. La conservación de documentación fiscal no depende únicamente del plazo general de prescripción tributaria, sino también de si esos datos, créditos o deducciones siguen produciendo efectos en ejercicios posteriores.

Muchas empresas dan por hecho que, superados los cuatro años, todo lo relacionado con ese ejercicio puede destruirse sin más. Esta idea, aunque extendida, puede llevar a errores con consecuencias importantes si Hacienda decide comprobar un crédito fiscal que sigue vivo.

Conservación de documentación fiscal: 4 años y la facultad de comprobar

El artículo 66 de la Ley General Tributaria (LGT) establece, con carácter general, un plazo de prescripción de cuatro años para distintos derechos de la Administración y del obligado tributario, entre ellos el derecho a liquidar la deuda tributaria correspondiente a un periodo concreto.

Sin embargo, la propia LGT distingue ese derecho de la facultad de comprobar determinados elementos fiscales. Un ejercicio puede estar prescrito a efectos de practicar una nueva liquidación y, al mismo tiempo, un elemento nacido en ese periodo puede seguir siendo relevante si se está utilizando en una declaración posterior todavía no prescrita.

Por eso no conviene identificar automáticamente «ejercicio prescrito» con «documentación que ya no hace falta acreditar».

El plazo especial de 10 años para créditos fiscales

La LGT recoge una regla específica en su artículo 66 bis: el derecho de la Administración para comprobar bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y deducciones aplicadas o pendientes de aplicación prescribe a los diez años, no a los cuatro.

El cómputo empieza el día siguiente a la finalización del plazo reglamentario para presentar la declaración del ejercicio en que nació el derecho, no desde la fecha de la factura ni del cierre contable.

La consecuencia práctica es clara: si una empresa conserva un crédito fiscal para aprovecharlo en el futuro, también debe conservar aquello que permita demostrar que ese crédito existe y está bien calculado.

El caso de las bases imponibles negativas

Las bases imponibles negativas (BIN) del Impuesto sobre Sociedades ilustran perfectamente el problema. Una sociedad puede generar pérdidas fiscales un año y compensarlas con bases positivas de ejercicios posteriores, dentro de los límites que marca la normativa. Eso significa que una cantidad nacida hace años puede seguir teniendo efectos fiscales mucho tiempo después.

El TEAC (Resolución 7028/2022) ha precisado que, durante ese plazo de diez años, el contribuyente debe conservar no solo las autoliquidaciones y los libros contables, sino también los soportes documentales de las operaciones que justifican esas bases: facturas, contratos, justificantes bancarios. Una anotación contable, por sí sola, no siempre basta como prueba.

¿Y el IVA?

El problema no se limita al Impuesto sobre Sociedades. En IVA es habitual que una empresa arrastre saldos a compensar de un periodo a otro. Aunque el periodo en que nació ese saldo sea antiguo, el crédito sigue produciendo efectos cada vez que se incorpora a una autoliquidación posterior, por lo que aplica el mismo plazo de comprobación de diez años del artículo 66 bis.

¿Y una vez pasados los diez años?

Transcurrido el plazo especial, la Administración pierde la posibilidad de iniciar la comprobación de esas bases, cuotas o deducciones. Pero esto no significa que pueda desaparecer toda la documentación sin más, si el contribuyente pretende seguir haciendo valer esas cantidades en ejercicios posteriores: el propio artículo 66 bis contempla que subsiste la obligación de aportar las autoliquidaciones y la contabilidad correspondientes cuando esas partidas se siguen utilizando en ejercicios no prescritos.

El plazo mercantil, otra variable a tener en cuenta

A los plazos tributarios hay que sumar las obligaciones mercantiles. El Código de Comercio establece su propio régimen de conservación de libros, correspondencia y justificantes del negocio. A esto pueden añadirse razones contractuales, societarias o procesales que aconsejen conservar ciertos documentos durante más tiempo del habitual.

El error, en definitiva, está en buscar una única cifra válida para toda la documentación de la empresa.

Qué debería revisar una empresa antes de destruir documentación

Antes de aplicar una purga periódica del archivo, conviene comprobar:

• Qué ejercicios están realmente prescritos y si contienen elementos que siguen desplegando efectos.
• Si existen bases imponibles negativas pendientes de compensar, o ya utilizadas, en ejercicios posteriores.
• Si hay cuotas o saldos fiscales (por ejemplo, de IVA) pendientes de compensación.
• Si existen deducciones aplicadas o pendientes de aplicar.
• Si hay bienes de inversión, subvenciones, contratos de larga duración u otros elementos que justifiquen una conservación superior.

La pregunta correcta no es «¿han pasado cuatro años?», sino «¿este documento sigue acreditando algo que todavía puede tener consecuencias?».

Una política documental, mejor que una regla fija

En la práctica, lo más seguro es clasificar la documentación en tres bloques: la sujeta solo a los plazos ordinarios, la vinculada a bases negativas, cuotas pendientes o deducciones que puedan usarse más adelante, y la relacionada con operaciones que por sus características aconsejan una conservación mayor.

Además, conservar no es solo almacenar: en un entorno cada vez más digitalizado, la documentación debe poder localizarse y relacionarse con la operación correspondiente cuando haga falta recuperarla.

Revisar estos plazos caso por caso evita errores costosos y asegura que, si Hacienda inicia una comprobación años después, la empresa pueda acreditar sin problemas la procedencia de sus créditos fiscales. Si tienes dudas sobre qué documentación de tu empresa debería conservarse más allá de los cuatro años habituales, nuestro equipo de asesoría fiscal puede revisar tu caso concreto y ayudarte a diseñar una política de archivo segura y ajustada a la normativa vigente.